Nhưng dường như Bộ Tài chính vẫn chưa thực sự lắng nghe ý kiến của cộng đồng doanh nghiệp, dù lãnh đạo Vụ Chính sách thuế, Bộ Tài chính (cơ quan chủ trì xây dựng các chính sách thuế) luôn khẳng định: "Khi xây dựng bất cứ chính sách nào, chúng tôi cũng đứng trên cương vị của doanh nghiệp, vì quyền lợi chính đáng của doanh nghiệp, tạo điều kiện cho doanh nghiệp trong hoạt động sản xuất - kinh doanh".
Cũng như đại diện của nhiều doanh nghiệp và hội/hiệp hội doanh nghiệp, ông Bùi Văn Mai, Tổng thư ký Hội Kiểm toán viên hành nghề Việt Nam cho rằng, những sửa đổi, bổ sung liên quan đến xác định chi phí hợp lý, hợp lệ trong Dự thảo sửa đổi Nghị định 124/2008/NĐ-CP chưa phù hợp với thực tiễn.
Cụ thể, theo Dự thảo, doanh nghiệp được trừ mọi khoản chi nếu thực tế phát sinh liên quan đến hoạt động sản xuất - kinh doanh và có đủ hoá đơn, chứng từ. Tuy nhiên, trong thực tế, tại thời điểm kết thúc năm tài chính (ngày 31/12), doanh nghiệp nào cũng phải trích trước nhiều khoản chi định kỳ như tiền điện, nước, Internet, điện thoại, phí dịch vụ kiểm toán…, nhưng chưa thể có hoá đơn, chứng từ vì phải đến tháng sau, nhà cung cấp dịch vụ mới đi thu tiền và mới trả hoá đơn cho doanh nghiệp. Vì vậy, việc đòi hỏi các khoản chi "có đầy đủ hoá đơn theo quy định của pháp luật" mới được coi là hợp lý không khác gì đánh đố doanh nghiệp.
Khấu hao đối với ô tô chở người từ 9 chỗ ngồi trở xuống (trừ ô tô dùng cho kinh doanh vận tải hành khách, kinh doanh du lịch, khách sạn) tương ứng với phần nguyên giá vượt trên 1,6 tỷ đồng/xe vẫn tiếp tục được coi là trích khấu hao tài sản cố định không đúng quy định. Với quy định này, doanh nghiệp thực hiện khấu hao phần giá trị ô tô du lịch từ 1,6 tỷ đồng trở lên không được coi là chi phí hợp lý, hợp lệ và vẫn phải đóng thuế TNDN đối với phần khấu hao này.
"Cần phải nghiên cứu lại mức khống chế này", Chủ tịch HĐTV Công ty TNHH Tư vấn quản lý C&A nguyên Phó tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan, bà Đặng Thị Bình An kiến nghị vì cho rằng, mức khống chế 1,6 tỷ đồng/xe được xây dựng từ năm 2008 đã không còn phù hợp do tỷ giá VND/USD tăng; thuế nhập khẩu ô tô, lệ phí trước bạ… đều được Bộ Tài chính điều chỉnh tăng đáng kể khiến giá bán xe ô tô trong nước đã tăng hơn rất nhiều so với thời điểm xây dựng Nghị định 124/2008/NĐ-CP.
Quy định khoản chi phí mà doanh nghiệp bỏ ra để mua bảo hiểm nhân thọ cho người lao động không được coi là chi phí hợp lý, theo Phòng Thương mại và Công nghiệp châu Âu tại Việt Nam (EuroCham), là không phù hợp với thông lệ quốc tế. "Việc doanh nghiệp mua bảo hiểm nhân thọ cho người lao động cũng tương tự việc trả công (lương, thưởng) cho người lao động bằng tiền mặt và các lợi ích khác không bằng tiền mặt. Loại chi phí này là phúc lợi thể hiện sự quan tâm của người sử dụng lao động với người lao động, nên cần phải khuyến khích bằng việc coi chi phí mua bảo hiểm nhân thọ là chi phí hợp lý, hợp lệ, thay vì đánh thuế như hiện nay", đại diện EuroCham kiến nghị.
Trong khi đó, nguyên Phó tổng cục trưởng Tổng cục Thuế, Chủ tịch Hội Tư vấn thuế Việt Nam, bà Nguyễn Thị Cúc cho rằng, quy định chuyển lỗ trong Nghị định 124/2008/NĐ-CP (doanh nghiệp có lỗ được chuyển số lỗ sang năm sau (được trừ vào thu nhập tính thuế); thời gian chuyển lỗ không quá 5 năm kể từ năm tiếp theo năm phát sinh lỗ) không rõ ràng, gây khó khăn cho quá trình thực hiện bởi có 2 cách hiểu khác nhau: doanh nghiệp được chủ động chuyển lỗ sang những năm sau đó/phải chuyển toàn bộ số lỗ vào năm tiếp theo. "Nghị định sửa đổi nên chấp thuận cho doanh nghiệp chủ động lựa chọn chuyển lỗ trong 5 năm để bảo đảm quyền lợi cho những doanh nghiệp đang được hưởng ưu đãi về thuế TNDN", bà Cúc đề xuất.