Ngày 30/9/2013, Cục trưởng Cục thuế Bắc Ninh ban hành quyết định số 4591/QĐ-CT về việc Xử lý về thuế, xử phạt vi phạm hành chính quaviệc chấp hành pháp luật thuế thời kỳ từ năm 2008 đến năm 2012 và các năm có liên quan. Theo đó, Cục thuế tỉnh Bắc Ninh đã quyết định truy thu số tiền thuế 2.301.435.748 đồng và phạt vi phạmchậm nộp số tiền: 693.845.611 đồng, tổng số tiền phải nộp lên đến 2.995.281.359 đồng (Hai tỷ, chín trăm chín mươi lăm triệu, hai trăm tám mươi mốt nghìn, ba trăm năm mươi chín đồng).
Trong đó chủ yếu là số thuế TNDN năm 2010 bị truy thu mà nguyên nhân Công ty đã thực hiện kê khai và nộp miễn giảm 50% theo hướng dẫn của Công văn 11924/TC-CST ngày 20/10/2004 của Bộ Tài chính về việc ưu đãi doanh nghiệp niêm yết trên thị trường chứng khoán giai đoạn 2004 - 2006 (vì đến hết năm 2009 Công ty mới hết hưởng ưu đãi của cổ phần hóa doanh nghiệp Nhà nước).
