Theo kết luận của Ủy ban Kiểm tra Trung ương, ông Nguyên đã có hành vi vi phạm phẩm chất, đạo đức, lối sống của người cán bộ lãnh đạo; thực hiện không đúng quy định về công tác tuyển dụng, bổ nhiệm cán bộ, vi phạm quy chế làm việc, vi phạm nguyên tắc tập trung dân chủ, gây dư luận không tốt tại địa phương.